סוניה מילשטיין, בת קיבוץ עין שמר של השומר הצעיר, הוכשרה כאחות עוד באירופה ועבדה במחנה עין שמר הסמוך כאחראית על המרפאות, החל משנת 1949. אידה ויסוצקי, שהייתה חברתה עוד מפולין והייתה אחראית על שירותי הבריאות במחנות, הביאה אותה, והיא התמנתה על ידה ועל ידי אברהם שטרנברג לארגן את שירותי המרפאות במחנה עין שמר (א' ב' ו-ג'), בכלל זה מרפאות שפונו אליהם ילדים ששהו במחנה, ושהוציאו את הילדים מחוץ למחנה. לטענתה, אנשי הצוות הרפואי לא קיבלו הנחיות מוגדרות באשר לפינוי ולטיפול הרפואי של יושבי המחנות, אלא היו אמורים לקבל החלטות על בסיס הכשרתם הרפואית. כמו כן, היא מעידה שעולות תימניות ותיקות עבדובמסגרת המרפאה כדי ללמד את יושבי המחנה ניקיון וסניטציה, אך מילשטיין טוענת בועדה שאלו לא נשלחו לסייע לתקשורת של הצוות הרפואי עם העולים כיוון שזה היה לא ריאלי.

כמו כן, למרות שהיא מודה שלכל העולים הייתה תעודת עולה ובה היה רישום מסודר של ילדי המשפחה, הצוות הרפואי לא טרח לבצע רישום הקושר בין הילד למשפחה שלו כאשר הוא לקח את הילד מאוהל – לטענתה משום שמדובר היה בצורך דחוף של הצלת הילדים, ומראה התינוקות כאמצעי לזיהוי היה אמור להספיק. היא דוחה לחלוטין את הטענות שמציגה פרקליטת הועדה באשר ללקיחת ילדים בריאים מאוהלי העולים. את הטענות על חטיפת הילדים שמעה, לטענתה, רק מהעיתונות, שנים אחר כך. כאשר היא נשאלת בועדה החקירה על המצב הרפואי בו הועברו הילדים, היא טוענת שלמעשה היא אינה יודעת באיזה מצב הם נלקחו כיוון שלא הייתה נוכחת בהחלטה להעביר את הילדים, וכן לא יודעת מאין ולאיפה הם נלקחו. כמו כן, טוענת שלא ראתה בעיניה ילדים שבים למחנה מבית החולים, ושלא הייתה אחראית על כך.

לעומת זאת, בראיון שלה עם אבנר פרחי, כשנה לפני עדותה בועדה, היא כן מספקת מידע באשר לגורלם של הילדים - היא מסבירה כיצד נשלחו הילדים בחבילות על אמבולנסים, ללא שום מסמך מזהה עליהם, ומספקת מידע באשר לבתי חולים שנשלחו עליהם. כמו כן, היא מספרת שהילדים אומצו על ידי מוסדות ויצ"ו, בפרט בעזרת אהובה גולדפרב, וטוענת שהיא גם לא רואה פגם בכך שהורים ישלמו על ילדים אלו, שכביכול לא מצאו את דרכם חזרה להוריהם המקוריים. כל אלו, בניגוד לטענותיה בועדה, כאילו היא אינה יודעת דבר על גורלם.

בהמשך השאלות בנושא, היא מתעקשת על כך שבשל חוסר הזמן והמחסור באנשי צוות, לא היה אפשרי לנהל רישום של הילדים החולים, מי הם הוריהם ולאן הם הולכים וחוזרים, גם כאשר יצאו מהמחנה. לגבי השאלות העוקבות של הועדה, למשל, כיצד ניתן לנהל טיפול רפואי בלי שמות המטופלים (למשל, כשמחלקים תרופות), היא אומרת שאינה יודעת, ושלא התעסקה עם זה. כמו כן, היא דוחה את הטענות כאילו הסגל הרפואי חשב על העולים מתימן כאילו הם פרימיטיביים, ועדיף לילדיהם לגדול במקום אחר מאוחר יותר, כאשר סוניה מספרת שעברה לנהל מרפאות של פוליו לילדי קיבוצים, התובעת שואלת אותה באשר לרישום הילדים שם, וסוניה טוענת שהיה מוצמד גיליון מחלה לכל ילד וכן אמא שלו הייתה לידו, בניגוד למצב אצל עולי תימן, שכאמור לא היו רשומים כלל כאשר הגיעו למרפאה. את ההבדלים היא מייחסת למצב המחנות ואופייה של המדינה אז. פרקליטת הועדה מעמתת אותה עם עדות של רוזה פושינסקי (קוצ'ינסקי) ,שעבדה במקום כאחות בשנת 49', וטוענת שהיא לקחה ילדים בריאים לחלוטין באמבולנס לבית חולים עפולה ומעולם לא החזירה אותם, ושהילדים שטוענים עליהם שנפטרו למעשה עדיין חיים. מילשטיין טוענת שהיא משקרת או שהיא עברה שטיפת מוח. בתגובה להימצאות של רשימה של ילדים בריאים בבית חולים שמציגה הפרקליטה, מילשטיין טוענת שלא היה לאיפה להחזיר את הילדים. [2659]

לקראת סוף עדותה, התובעת מעמתת אותה עם אדם בקהל ועדת החקירה בשם חיים גיאת, שמעיד שכשהיה בן שש, בן-דודו, יהודה גיאת, נחטף על ידי המרפאה בעין שמר, שם טענו בפני הוריו שהוא מת. אשתו של דודו, יהודית גיאת, סירבה לקבל זאת, ואחרי מהומה שהקימה במרפאה, הוחזר להם ילדה. על פי עדותו, הוא צפה בהתפרעות של דודתו, וכן מעיד שהאחות שהחזירה לה את ילדה הייתה סוניה מילשטיין בעצמה, ואחרי כן בן-דודו כבר לא חזר למרפאה. לטענתו, הסיפור הזה ידוע במשפחתו. כמו כן, העיד שאחיו, שנולד בשם יצחק גיאת, גם הוא נחטף, ממש בסמוך ללידתו, נטען בפני אמו שהוא מת אך הם לא קיבלו תעודת פטירה, לא ראו את הגופה ולא קבר. מעניין לציין, שחיים גיאת טוען שעמי חובב, חוקר בועדות שלגי ובהלול-מינקובסקי, התקשר אליו וניסה לשכנע אותו לרדת מהנושא.

ראיון עם אבנר פרחי, 17.5.94, תמלול, עמ' 44:

מילשטיין: "את ההורים לא מצאו, מסרו לויצ"ו."

פרחי: "אם את היית.."

מילשטיין: "ויצ"ו צריכה להתקיים, למה לא, אם הורים יש להם כסף למה שלא יתמכו בויצ"ו?"

פרחי: "כן אבל מה עם ההורים הביולוגיים?"

מילשטיין: "אבל לא מצאו אותם."

פרחי: "למה לא מצאו אותם?"

מילשטיין: "כי לא היו רישומים, לא הייתה רשימה."

פרחי: "אני לא מבין באמת, לקחתם באותה תקופה ילד, שמתם אותו באמבולנס בלי שום פתק, בלי שום מסמך מזהה, נכון?"

מילשטיין: "נכון."

פרחי: "ואחר כך אתם ציפיתם שהאחות תכיר את הילדים ותדע למי היא שייכת? את אומרת שההורים כביכול לא זיהו את הילדים אז איך אהובה תזהה פתאום כל יום 20 ילדים מחדש שהיא לא מכירה?"

מילשטיין: "היא לא צריכה לזהות."

מתוך פרוטוקול הועדה:

עמ' 2664:

דרורה נחמני (פרקליטת הועדה): "עכשיו, כשהיית עסוקה, עם ילדים בפוליו, את עשית רישומים אז, או גם לא עשית?"

סוניה מילשטיין: "אני לא עשיתי רישומים. האחיות ניהלו כרטיס גיליון מחלה, וחוץ מזה על כל ילד הייתה אמא."

נחמני: "בפוליו?"

מילשטיין: "זה היו ילדים מקיבוצים."

.. נחמני: "לא, אבל לא ילדים של עולים?"

מילשטיין: "לא."

נחמני: "כלומר, כאשר מדברים על ילדים מקיבוצים עם פוליו, האמא צריכה להיות ליד המיטה, יחד עם כרטיס. אז נוהלו כרטיסים, אבל כשמדברים על ילדים עם עולים?"

מילשטיין: "אבל זה היה שנים אחרי זה, ולא היו חמישה עשר אלף בצפיפות אחת, עם כל כך הרבה מחלות, איך את יכולה להשוות? מחנה עם חמישה עשר אלף, כולם חולים, גם גדולים וגם ילדים, ואין אחיות, ואין מי שירשום."

עמ' 2668:

נחמני: "כלומר, בואי נסכם, את לא יודעת מאין הם נלקחו, את לא יודעת באיזה מצב בריאותי הם היו למעשה, כאשר את ממונה על כל התהליך הזה בעצם?"

מילשטיין: "נכון."

נחמני: "וגם לא עשית כדי לדעת אם להחזיר להורים?"

מילשטיין: "נכון, לא עשיתי שום רישומים."

נחמני: "כלומר, הם מראש נידונו לחוסר זהות הילדים האלה, וזה היה ברור מראש אם כך?"

מילשטיין: "זאת הייתה המציאות, וזהו זה. נכון שהיו טרגדיות, נכון. שמקבלים פתאום צו גיוס שכבר לפני שמונה עשרה שנה נפטר."